В начале XVI века над палатой во втором ярусе колокольни устроена Богоявленская церковь. Самое раннее письменное упоминание о ней содержится в первой монастырской описи 1623 года: «В монастыре же церковь Богоявления Господа нашего Иисуса Христа, каменная, а вверху колокольня». Ко второй половине XVIII столетия храм обветшал и был упразднён в 1786 году. На месте Богоявленской церкви обосновали монастырскую библиотеку, состоящую из рукописных и печатных книг. В 1792 году Богоявленский придел устроили в Сретенском храме, но закрыли после Отечественной войны 1812 года «за теснотою».
В июне 2007 года в колокольне освободили помещение, занимаемое складом ПНИ. С возрождением Николо-Пешношского монастыря на прежнем месте восстановили и Богоявленскую церковь.
